Ele leciona na Escuela Superior de Diseño de Aragón (ESDA) e combina seu trabalho de professor com ilustração infantil. Com o álbum El pájaro de las dos jaulas, foi selecionado para a 25ª Bienal de Bratislava de 2015. Seu álbum Los zapatos de Fred Astaire y otras historias increíbles ganhou o Golden Pinwheel Award na categoria Melhor Álbum Infantil Internacional na Feira do livro infantil de Shanghai, em novembro de 2013. Ele é membro da Apila Edições. Em 2015, publicou La madre de Jack. Com esse álbum, Edu Flores recebeu a medalha de bronze na categoria de melhor ilustrador no Moonbeam Children's Books Awards 2015 (EUA).